В статье приведены результаты исследований по построению взаимных отражений шифров специальностей научных работников и рубрик ГРНТИ на основе сопоставительного интеллектуального анализа. Объектами сопоставления являются актуальная эталонная версия ГРНТИ и верифицированная версия классификатора ВАК. Взаимные отражения шифров специальностей научных работников и рубрик ГРНТИ определены как отношения логического совпадения, включения и пересечения объёмов сущностных понятий тематики каждого направления исследований, указанных в паспорте научной специальности, и тематики соответствующих рубрик государственного рубрикатора. Для пояснения алгоритма сопоставительного анализа классификатора ВАК и ГРНТИ и построения таблицы соответствий классификационных кодов рассмотрены в качестве примеров процессы установления смысловых связей между шифрами специальностей научных работников 1.1.6 Вычислительная математика, 1.5.16 Гидробиология и рубриками ГРНТИ. Исследования по формированию совокупностей взаимных отражений кодов сопоставляемых классификаций выполнены в полном объёме по всем группам научных специальностей раздела 1 Естественные науки классификатора ВАК. Всего рубриками ГРНТИ проиндексировано 97 шифров специальностей научных работников, которым присвоено 1958 соответствий. Сопоставление с тематической структурой ГРНТИ выполнено по 1755 направлениям исследований, указанным в 128 паспортах шести групп научных специальностей. Определены общие и отличительные закономерности распределения видов смысловых соответствий между шифрами специальностей научных работников и рубриками ГРНТИ для групп научных специальностей раздела 1 Естественные науки.