Использование микросателлитного анализа в контроле достоверности происхождения молодняка позволило создать обширную информационную базу генетических маркеров крупного рогатого скота, которую успешно можно использовать для контроля селекционных процессов в породах и отдельных стадах. Цель исследований заключалась в изучении генетического разнообразия 7 пород крупного рогатого скота молочного и мясного направлений продуктивности, их филогенетического родства, межпородной и внутрипородной дифференциации, генетического разнообразия, гомо-гетерозиготности, инбридинга и других популяционно-генетических параметров. Генотипирование животных проведено набором реагентов «GeneProfile Cattle», предназначенным для генетической идентификации и определения родства крупного рогатого скота (Bos тaurus), по 16 локусам микросателлитов. На примере одного локуса TGLA53 показаны породная специфичность частот аллелей и определенные различия. Аллели 174, 178, 182, 186, 188, 190 во всех породах встречаются крайне редко или не выявлены. Напротив, аллели 160,162, 172 встречаются от 28,8 до 44,4%. Приватных аллелей в голштинской породе выявлено 13, в симментальской и герефордской породах – по 1 аллелю, в красно-пестрой – 2. Количество аллелей на локус в голштинской породе – 12, красно-пестрой голштинской – 9,75, красной степной – 8,94, герефордской – 10,25, галловейской – 8,44, в казахской белоголовой породе – 5,69. Число эффективных аллелей варьирует от 3,59 (казахская белоголовая) до 4,66 (голштинская). Индекс Шенона находится в пределах 1,43–1,71. Индекс Fis имеет отрицательное значение и варьирует от минус 0,02 до минус 0,12. Уровень наблюдаемой гетерозиготности сопоставим с ожидаемой гетерозиготностью, избытка гетерозигот и инбридинга не выявлено. Отдельные кластеры образуют герефордская и казахская белоголовая порода, красно-пестрая голштинская и голштинская, галловейская и симментальская породы. Полученные результаты можно рассматривать в качестве базы сравнения в последующих поколениях, а также в оценке пород других регионов.