Проведены исследования почвенных микробных сообществ под разными сельскохозяйственными растениями (лен, клевер, ячмень, картофель, озимая рожь), выращиваемыми в бессменных посевах и севообороте. Изучено влияние бессменного посева и севооборота на таксономический профиль прокариотической и грибной составляющих почвенного микробиома. Произведена оценка влияния бессменного выращивания культур и севооборота на фоне без внесения минеральных и органических удобрений на интенсивность метаболизма и устойчивость почвенной биоты. Объектом исследований служил Длительный опыт Российского государственного аграрного университета – МСХА имени К.А. Тимирязева, заложенный в 1912 г. профессором А.Г. Дояренко. Показано, что у грибов наибольшее значение операционной таксономической единицы (ОТЕ) было в почве под паром и севооборотом. Для прокариот, напротив, количество ОТЕ было самым низким в варианте севооборота. Установлено, что аскомицеты являются доминирующим таксоном грибов во всех исследованных образцах. У прокариот доминировали Proteobacteria и Acidobacteriota, далее – Actinobacteriota и Firmicutes, и в меньшей степени представлены Chloroflexi. Среди архей преобладал филум Crenarcheota. Показано, что бессменное выращивание культур в целом негативно сказывается на функционировании микробного сообщества. При оптимальном значении метаболического коэффициента 0,2 при монокультуре они достигали 0,6. Устойчивость микробного сообщества почвы снижена в результате бессменного выращивания картофеля, льна и клевера на фоне без внесения органических и минеральных удобрений, а также в варианте «вечного пара». Особенно неблагоприятные условия были отмечены при монокультуре картофеля. Бессменное выращивание зерновых, особенно озимой ржи, не ведет к существенному снижению активности почвенной биоты и устойчивости микробных сообществ почв. Севооборот позволяет оптимизировать микробиологические процессы в почве и повысить устойчивость микробного сообщества.