В статье рассматриваются основные вызовы – сложные проблемы, препятствующие развитию наукометрических исследований и научных коммуникаций. Для их решения требуются большие усилия и профессиональная смелость. В первую очередь, к таким вызовам относятся необходимость открытого доступа к наукометрическим данным, а также повышение их качества и полноты, включая сведения об авторах, аффилиациях, цитированиях и иную метаинформацию. Обоснована необходимость массового применения технологий идентификации научно-информационных объектов (публикаций, исследователей, организаций, проектов и др.), что позволит значительно снизить количество библиографических ошибок. При проектировании наукометрических изысканий границы объектов исследований и инструменты анализа должны определяться их целями, а не ограничениями библиометрических баз данных. Одним из ключевых инструментов является классификация научных публикаций. Его развитие обусловлено появлением новых и низким качеством существующих в библиометрических базах данных классификаторов, их различиями, а также изменчивостью структуры науки. Наконец, необходимо строго следить за корректностью применения методов наукометрического анализа и интерпретации его результатов, особенно при оценке научной результативности. Преодоление этих вызовов позволит реализовать эффективный мониторинг научной деятельности, который будет основываться уже не на формах ежегодного статистического наблюдения, а на процедурах оперативного сбора, обработки и анализа потоков научной информации. Такой переход позволит значительно улучшить характеристики мониторинга, расширить спектр решаемых задач, выявлять системные изменения в сфере исследований, своевременно реагировать на дисбалансы в её развитии и увеличить эффективность решений, принимаемых в управлении научной деятельностью.