В условиях современной государственной политики, ориентированной на укрепление продовольственной безопасности и достижение технологического суверенитета, особое значение приобретает системное устойчивое развитие агропромышленного комплекса. Стратегическими ориентирами выступают наращивание объемов производства сельхозпродукции, реализация импортозамещающих мероприятий посредством применения отечественных образцов техники и оборудования, использование национального семенного фонда и племенных ресурсов, а также интенсификация производства на инновационной технологической основе. Отмеченные обстоятельства обусловливают повышенные требования к эффективности функционирования сельскохозяйственных организаций как базового звена отраслевой структуры. Предложенные в статье методические подходы к формированию организационно-экономического механизма повышения эффективности в контексте совершенствования стратегического управления организациями АПК ориентированы на решение прикладных задач по выявлению и освоению неиспользованных возможностей роста результативности хозяйственной деятельности. С учетом приоритетных направлений развития агропромышленного производства и существенного влияния мер государственного регулирования на экономику сельхозорганизаций авторами осуществлена классификация интересов государства в экономической, социальной и экологической сферах. Разработанная модель организационно-экономического механизма базируется на необходимости согласования внутрихозяйственных задач повышения эффективности с общегосударственными целевыми установками и векторами отраслевого развития. Ключевое место в структуре данного механизма занимает оценочно-мониторинговый блок, формирующий информационно-аналитическую систему обеспечения управления процессами развития агропредприятий. Выполненный контент-анализ существующих научных подходов к оценке эффективности деятельности хозяйствующих субъектов позволил установить целесообразность применения интегральной оценки на базе матричной (динамической) модели с использованием непараметрических методов. Специфика производственных процессов в сельском хозяйстве предполагает выделение двух основных стадий: непосредственно производство продукции и последующие операции по ее первичной переработке, складированию и сбыту. Указанное разделение обосновывает необходимость управленческого функционального анализа и обособленной оценки эффективности производственной и коммерческой деятельности сельскохозяйственной организации. Итоговые данные выполненной оценки позволят научно обосновать приоритетные направления и разработать практические рекомендации по повышению эффективности бизнес-процессов организаций АПК.