Важнейшим условием устойчивого развития агропромышленного комплекса в контексте достижения национальных целей является обеспечение финансовой безопасности входящих в него хозяйствующих субъектов. Разработанный и изложенный в статье методический подход к оценке системы финансовой безопасности организаций АПК, состоящий из четырех последовательных этапов, позволит своевременно диагностировать риски, разрабатывать эффективные механизмы их нейтрализации, защищая финансовые интересы компаний от внутренних и внешних угроз. Для выполнения первого этапа методики, заключающегося в выявления «болевых» точек системы финансовой безопасности компании, предложены ключевые параметры экспресс-оценки финансового состояния и модели определения вероятности банкротства. Проведенный анализ и оценка финансового состояния организации пищевой промышленности выявили некоторые расхождения в результатах. В этой связи предложено на втором этапе включение в систему оценки финансовой безопасности факторов, учитывающих, помимо финансового, также инвестиционный и налоговый аспекты деятельности. В результате контент-анализа методических подходов был выбран индикаторный метод оценки финансовой безопасности и сформирован интегральный (обобщающий) критериальный показатель, включающий в себя 15 частных характеристик-измерителей. Количество частных индикаторов может быть скорректировано для конкретной организации в зависимости от условий и целевых установок. Предложенная шкала значений интегрального показателя позволяет идентифицировать для организации три уровня безопасности: низкий, средний и высокий. Для обеспечения высокого уровня финансовой безопасности и своевременного реагирования на ее угрозы рекомендовано на третьем этапе методики осуществлять ранжирование наиболее существенных рисков с использованием карты и спирали рисков, а также модели «Галстук-бабочка». Результаты проведенного риск-анализа позволят научно обосновать мероприятия по управлению рисками финансовой безопасности и их минимизации.