Актуальность проблемы результативности использования средств господдержки АПК получателями субсидий вытекает из требований бюджетного законодательства РФ по реализации процесса стратегического планирования. Цель исследований – обосновать направления совершенствования методов и применения результатов анализа эффективности использования субсидий в сельскохозяйственных организациях. Показано, что имитационные возможности современных методик анализа позволяют оценить влияние субсидий на результаты деятельности, выявить степень достижения финансовых результатов за счет бюджетных ресурсов, определить эффективность использования субсидий в производстве и реализации продукции. Предложено функционал методик анализа дополнить показателями, способствующими оценить эффект и эффективность за счет господдержки обособленно от других вложенных ресурсов. Результаты анализа показывают, что влияние господдержки на устойчивое развитие сельхозорганизаций выходит далеко за рамки дополнительного финансирования и создает принципиально иные условия для обеспечения расширенного воспроизводства. Усовершенствованные методы анализа эффективности субсидий позволят усилить алгоритмическую основу цифровых сервисов АПК, используемых Минсельхозом РФ для обеспечения процесса бюджетного планирования и выделения средств поддержки.