Неуклонное увеличение государственной поддержки сельскому хозяйству в России (объем в 2024 г. увеличился в 2 раза в сравнении с 2018 г., составив 558 млрд руб.) требует максимальной эффективности ее использования. Сформированная и изложенная в статье система показателей анализа с методами их применения позволяет в процессе мониторинга раскрывать эффект от выделяемых сумм государственной поддержки агропромышленному комплексу. Определены на фактологическом материале оптимальные размеры выделяемых субсидий по индикаторным показателям в достижении наибольшей их эффективности сельскохозяйственными товаропроизводителями. Проведенный анализ выявил разнонаправленное влияние размера государственной помощи на различные величины хозяйственно-экономической деятельности предприятия, что следует учитывать при их субсидировании. Для формирования рациональной системы учетно-аналитического обеспечения эффективности использования средств государственной поддержки доказана целесообразность перехода в отчетности и бухгалтерском учете государственной помощи к концепции капитализации с использованием разработанной многоуровневой системы счетов, что обеспечивает объективность рейтинговой оценки предприятий по достигнутым финансовым результатам. В системе экономической безопасности организаций информационно-аналитическое обеспечение управления эффективным использованием бюджетных средств формата господдержки при казначейском сопровождении приобрело особую значимость в последние годы. В качестве элемента экономической безопасности сельскохозяйственных организаций для ее укрепления разработан и предложен механизм раздельного учета операций, объектов, расходов и результатов в условиях казначейского сопровождения выделенного субсидирования, вертикально-выстроенного по стадиям учетного процесса. Исходя из требований казначейского сопровождения и концепции капитализации бухгалтерского учета государственной помощи введены учетные сегменты («маркеры») использования целевых бюджетных субсидий в документальное оформление операций, информационные потоки системного учета аналитического, субсчетного и синтетического уровней, что позволяет вычленять результаты, полученные с участием средств господдержки без ведения параллельнойучетной системы. Критический анализ положений международных и российских стандартов бухгалтерского учета выявил их позитивные и негативные позиции с обоснованием направления дальнейшего развития бухгалтерского учета государственной помощи в сельском хозяйстве.