Обсуждается и обосновывается необходимость широкого использования категории «почвенная экосистема», как более объективно содержательного и конкретного в отличие от лаконичного, но разно понятийного термина - «почва». Современная наземно-почвенная экосистема подразделяется на природную и антропогенную или агроэкосистему, а последняя по технологиям эксплуатации на интенсивную (convention agriculture) и органическую (organic agriculture), а также смешенный или переходный тип (low input) возделывания. Рассматриваются ключевые характеристики органического, интенсивного и переходного типов земледелия. Обсуждается новая, генеральная характеристика почвенной экосистемы - здоровье почвы и естественно-научные параметры этой категории. Приводятся методы определения здоровья почвы в виде параметров. Описан гетеротрофный параметр здоровья почвы и ключевые положения для выполнения этого метода. Обсуждается новый параметр определения здоровья почвы в виде параметра оценки самообеспечения почвенной экосистемы ключевыми биофильными элементами, азота и фосфора. Обсуждены подходы к разработке параметров оценки супрессирующей активности и контроль «патогенеза» в почвенной экосистеме. Рассматривается необходимость оценки здоровья почвенных экосистем в зависимости от их типов и эксплуатации. Рассмотрены условия поддержания и сохранения здоровой почвенной экосистемы, особенно в системах органического земледелия. Обсуждается варианты сохранения и защиты здоровья почвы, естественная и индуцированная супрессирующая активность почвенной экосистемы. Описываются пути диагностики и терапии почв современных агроэкосистем на основе разработанных показателей в виде гетеротрофного параметра здоровья почвы и параметра оценки самообеспечения почвенной экосистемы биофильными элементами.