Методология истории определяет, что авторы будут писать в своих исследованиях. Она является предметом социальной философии. Однако, проанализировав ведущие работы данного периода по истории Урала и Сибири XVII в., мы пришли к выводу, что историки не занимались механическим иллюстрированием выводов социальной философии на историческом материале. В конце XIX в. В. И. Ленин с опорой на К. Маркса нарисовал схему «нового периода русской истории». В 1930-е гг. эта схема стала обязательной для отечественных историков. Однако очень быстро выяснилось, что не все ее элементы можно было обнаружить в сибирской истории XVII в. Причины могут быть связаны с отсутствием у купечества достаточной автономии, большим налоговым гнетом, возможностями извлекать выгоды из социального статуса, военными действиями. Сохраняя полную лояльность официальному тезису, в своих конкретных исследованиях ученые сибиреведы оказались большими эмпириками и предпочитали указывать на исторические факты, даже если факты противоречили официальной концепции. Кроме того, в 1960-е гг. происходит изменение ключевых формулировок схемы, в сторону признания большой сложности и вариативности исторического процесса.