В статье представлены данные по использованию современных методов анализа, выделению и идентификации представителей микробиоценоза слепых отростков кишечника промышленных свиней, выращиваемых по интенсивной технологии. Для изучения состава микрофлоры различных таксономических групп в химусе промышленных свиней был использован бактериальный метагеномный анализ. Для выделения доминирующих представителей рода Lactobacillus применялись классические микробиологические методы исследования. Идентификация пробиотически значимых культур микроорганизмов осуществлялась с применением масс-спектрометрического анализа на MALDI-ToF MS в спектрометре BactoSCREEN, а также дополнительно путем определения нуклеотидной последовательности гена 16S рРНК. Проводилось полногеномное секвенирование выделенных превалирующих чистых культур рода Lactobacillus. В результате исследований установлено, что в слепых отростках кишечника поросят-сосунов, свиней на доращивании и откорме наблюдается многообразие состава микробных сообществ, которое с возрастом в количественном соотношении меняется. Результаты массспектрометрического анализа выявили наличие белковых спектров важных представителей бактерий рода Lactobacillus. Из них доминировали два вида Lactobacillus amylovorus и Limosilac-tobacillus mucosae, которые дополнительно были подтверждены путем анализа их нуклеотидной последовательности гена 16S рРНК и при проведении полногеномного секвенирования.