В современных условиях неопределенности и финансовой нестабильности на фоне пандемии коронавируса наиболее уязвимыми являются субъекты малого и среднего предпринимательства. Предприниматели терпят грандиозные убытки, жизнеспособность многих субъектов малого бизнеса стремится к нулю ввиду отсутствия внутренних резервов и неподъемных финансовых потерь. Острым остается вопрос о государственной поддержке малого и среднего бизнеса, льготном кредитовании и о ряде иных государственных мер, направленных на поддержание предпринимателей всех пострадавших сфер. При этом немаловажное значение приобретают развитие (пересмотр, переоценка, переориентация) внутренних аспектов функционирования представителей малого и среднего бизнеса, осуществление грамотных управленческих решений, способных поддержать предприятие в кризисных условиях. Цель внедрения внутреннего контроля в субъектах малого и среднего предпринимательства - исключение скачкообразных, разрозненных, противоречащих друг другу управленческих решений. Задача внутреннего контроля - обеспечение системности и целесообразности управленческого воздействия. Таким образом, вопросы организации внутреннего контроля фактов хозяйственной жизни для субъектов малого и среднего предпринимательства приобретают особую актуальность. В статье приведено обоснование необходимости внедрения системы внутреннего контроля в сложных экономических условиях в целях стабилизации финансового положения предприятия. Проведено исследование факторов, затрудняющих внедрение системы внутреннего контроля в субъектах малого и среднего бизнеса.