Цель исследований – анализ генотипической структуры и популяционно-генетических параметров западно-сибирской мясной и кулундинской тонкорунной пород овец по генам CAST, GDF9, KRT1.2 и группам крови. Молекулярно-генетические и иммуногенетические исследования проведены в лаборатории биотехнологии СибНИПТИЖ СФНЦА РАН. ПЦР-ПДРФ-анализ для определения генотипов проводили согласно описанным и апробированным методикам на амплификаторе С 1000 «BioRad», результаты визуализировали с помощью гельдокументирующей системы E-Box-CX5.TS-20.M. Установлено, что по частоте генотипов и аллелей гена CAST западно-сибирская мясная и кулундинская тонкорунная породы не имеют значимых различий. В обеих породах CAST MM был превалирующим, с частотой 69,0–75,0%, носителей CAST NN – всего 1,6–5,1%. Кулундинская тонкорунная порода характеризуется очень высокой частотой генотипа GDF9 GG – 92,7%, что выше, чем у овец западно-сибирской мясной породы, на 26,3%. GDF9 AА -генотип в породах встречается крайне редко (0–5%). Аллель GDF9 G у сравниваемых пород выявлен в диапазоне 0,811–0,960, а аллель GDF9 A – 0,189–0,040. По соотношению генотипов гена KRT1.2 в сравниваемых породах наблюдаются различия. В кулундинской тонкорунной породе подавляющее большинство животных имеют гомозиготный генотип KRT1.2 MM (95,5%), тогда как в западно-сибирской мясной породе таких овец 32,8%. Соответственно частота аллеля KRT1.2 M составляет 0,565–0,978, аллеля KRT1.2 N – 0,435–0,022. Генное равновесие в изученных генах не нарушено, χ2 = 0,033–1,025. Индекс генетического сходства между породами, вычисленный на основе частот генотипов и групп крови, составляет 0,901 ± 0,028 и 0,833 ± 0,024. Популяционно-генетические характеристики практически одинаковы у сравниваемых пород, за исключением гомозиготности генов (С а ), которая выше в кулундинской тонкорунной породе по гену GDF9 на 24,3%, KRT1.2 – на 29,1% в сравнении с западно-сибирской мясной породой овец. Число эффективно действующих аллелей незначительно (1,04–1,46). Генетическая изменчивость (V) по отдельным генам в породах варьирует от 5,0 до 49,6%. Отрицательное значение коэффициента F is свидетельствует об отсутствии инбридинга у овец изучаемых пород.