Показано, что в современных условиях для стратегии российского вуза не так важны амбициозные цели по направлениям его деятельности, как четкое представление необходимых глубоких организационно-экономических изменений в системе менеджмента при обеспечении соответствия вуза быстро меняющимся условиям внешней среды. В статье представлены результаты критического анализа действующей системы манипулирования заработками преподавателей с использованием множества показателей. Обосновано, что университет должен быть переориентирован с условий довлеющего влияния на его деятельность вышестоящих органов власти на то, чтобы максимально отвечать интересам научного, образовательного и инновационного обеспечения развития сельского хозяйства и сельских территорий региона. При этом значительная роль должна быть отведена работодателям и иным потребителям результатов деятельности университета, их влиянию на систему менеджмента университета. Обоснованы необходимые изменения системы мотивации работников. Соответственно предлагается увеличить количество квалификационных уровней преподавателей и ученых университета, определить критерии оценки каждого уровня в соответствии со стратегией университета.